Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie powstał 1 września 1999 roku z połączenia trzech istniejących w Olsztynie szkół wyższych: Akademii Rolniczo-Technicznej, Wyższej Szkoły Pedagogicznej oraz Warmińskiego Instytutu Teologicznego. UWM łączy więc tradycję pięćdziesięcioletniej ART, trzydziestoletniej WSP oraz ponad 450 lat kształcenia teologicznego na Warmii.

Historia Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego sięga jednak 1950 roku. 31 maja tego roku powstała pierwsza wyższa uczelnia w Olsztynie - Wyższa Szkoła Rolnicza, którą przemianowano w 1972 r. na Akademię Rolniczo-Techniczną. 19 czerwca 1969 w Olsztynie utworzono Wyższą Szkołę Nauczycielską, przekształconą w 1974 r. w Wyższą Szkołę Pedagogiczną. Natomiast 23 kwietnia 1980 r. powołano Warmiński Instytut Teologiczny.
Intensywne i zakończone sukcesem starania olsztyńskiego środowiska naukowego skupionego w Olsztyńskim Forum Naukowym o powołanie uniwersytetu w Olsztynie trwały całą dekadę lat 90. XX w. 1 czerwca 1999 r. rząd przyjął projekt ustawy w sprawie powołania do życia Uniwersytetu Warmińsko-Mazurskiego w Olsztynie. Dzień 1 czerwca na tę pamiątkę stał się świętem uniwersyteckim.

Na starcie tj. w 1999 r. UWM miał 12 wydziałów i 32 kierunki kształcenia oraz 24,5 tysiąca studentów. Uczelnia posiadała prawo do habilitowania w 6 dyscyplinach naukowych oraz do nadawania doktoratów w 13 dyscyplinach. Pierwszym rektorem z mocy Ustawy o utworzeniu UWM w Olsztynie został prof. dr hab. Ryszard Górecki. Główną siedzibą uniwersytetu stało się Kortowo - miasteczko akademickie wcześniej należące do ART.

UWM niemal od dnia powstania intensywnie się rozwija. Znacznie zwiększyła się jego baza dydaktyczna i naukowa. Uczelnia zakupiła nowoczesne wyposażenie laboratoriów i pracowni. UWM wykorzystał do tego celu znaczne środki z funduszy unijnych. Powstały nowe wydziały, pojawiły się nowe kierunki kształcenia.